Bastion n° 1 des anciennes fortifications : inscription par arrêté du 21 mai 1970

Porterie, choeur, abside et les deux travées droites de la chapelle : inscription par arrêté du 26 décembre 1976

Chais du Cour Saint-Emilion (soit 42 chais précisément situés dans l'arrêté). Magasins situés comme suit : rue de l'Yonne, n° 26 à 58, 72, 74, 88 ; rue de Thorins, n° 27, 33 à 59, 81, 83, 89 ; rue de Thorins, n° 48 à 60, 82, 84, 90 ; rue des Mâconnais, n° 107 à 119, 129 à 149 ; rue des Mâconnais, n° 98, 104 à 118, 124, 126, 132, 134, 138 à 144 ; Cour Nicolaï, n° 23, 39, 69 : inscription par arrêté du 7 février 1986

Façades et toitures, passage central à rez-de-chaussée et escalier du corps central du bâtiment dit de Lenoir : inscription par arrêté du 4 juin 1962

Façades sur cour et sur jardin ; chapelle : inscription par arrêté du 10 avril 1929

Le bâtiment principal : inscription par arrêté du 29 octobre 1975

Le musée, à l'exception des parties classées (cad. 12 : 01 AW 4) : inscription par arrêté du 30 décembre 1987 - Les façades et toitures ; les grilles d'entrée ; le hall et la galerie entresolée ; les deux salons ovales dits de Lyautey et du Ministre ; la grande salle des fêtes ; les deux salles adjacentes à la précédente dites des Ecorces peintes et des Nouvelles-Hébrides ; les trois escaliers avec leur ferronneries (cad. 12 : 01 AW 4) : classement par arrêté du 30 décembre 1987

Obélisque Louis XV, dans le bois de Vincennes : classement par arrêté du 19 octobre 1946

Pagode vietnamienne ou Temple indochinois (incendiée en 1984) : inscription par arrêté du 6 mai 1965 - Grande serre et serre du Dahomey ; pavillons de l'Indochine, de la Tunisie, de la Réunion, du Congo, du Maroc et de la Guyane ; esplanade du Dinh avec son décor et l'urne funéraire, pont tonkinois, pont khmer, porte chinoise, piège à tigre, grande cloche de bois, monuments aux morts de la guerre 1914-1918 (cad. 12 : 01 BD 3) : inscription par arrêté du 1er juin 1994

Façades et toitures (cad. 12 : 04 EL 3) : inscription par arrêté du 11 juillet 1984

La chapelle (cad. CK 14) : inscription par arrêté du 27 décembre 1994

Cimetière et bâtiments suivants de l'ancien couvent : sol de la parcelle correspondant au n° 35 de la rue de Picpus (cad. 12 : 02 CK 16) ; jardin situé sur la même parcelle ; enclos renfermant les fosses ; cimetière des descendants des familles ; chapelle construite par l'architecte Froëlicher ; pavillon d'entrée nord ; pavillon fermant la cour à l'est : inscription par arrêté du 30 avril 1998