Fondation mérovingienne, la première église Saint-Germain-l’Auxerrois fut détruite lors du grand siège de Paris par les Normands en 885-886, puis rebâtie au XIe siècle. L’édifice fut remanié dans la première moitié du XIIe siècle et le portail occidental réalisé vers 1220-1230. Le chœur et la première travée de la chapelle de la Vierge datent du XIVe siècle, la nef et le porche actuel du siècle suivant, le transept et les chapelles du chœur du XVIe siècle. Vers 1580, la reconstruction de l’église, était achevée. Une importante campagne de travaux fut menée au début du XVIIe siècle. Le sanctuaire fut entièrement réaménagé et décoré et on plaça dans la nef, une chaire et un banc d’œuvre. Les destructions commencèrent au XVIIe siècle par la suppression du trumeau du portail occidental et se poursuivirent au siècle suivant, par celle du tympan du portail puis du jubé placé à l’entrée du chœur, œuvre de Jean Goujon et Pierre Lescot. Au XVIIIe siècle également, le chœur reçut une nouvelle décoration due à l’architecte Claude Bacarit et au sculpteur Louis-Claude Vassé. En 1793, l’église fut fermée et reçut diverses affectations. Elle ne fut rendue au culte catholique qu’en 1802. Au cours des journées d'émeute des 14 et 15 février 1831, l'église fut profanée puis de nouveau fermée. Ce n’est que le 13 mai 1837, qu’eut lieu la cérémonie de réouverture. À partir de cette date, d’importants travaux de restauration furent entrepris, aussi bien à l’extérieur qu’à l’intérieur où la décoration peinte et vitrée des chapelles fut entièrement renouvelée.
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				verrières du transept gauche : Scènes de martyres, saint Pierre, sainte Anne, Vierge et une donatrice construction d'une église
					
					PM75000152
				verrières du transept gauche : Scènes de la vie du Christ
					
					PM75000153
				verrières de la rose septentrionale : Le Père Eternel, Anges, Chérubins, Saints martyrs, Saints confesseurs
					
					PM75000154
				verrière du transept gauche : Scènes de la Passion du Christ, Le Sacrifice d'Abraham
					
					PM75000155
				verrière du transept gauche : Scènes de la Passion, Dieu remet à Moïse les tables de la Loi, Abraham et Melchisedec
					
					PM75000156
				verrière de la rose méridionale : La Pentecôte
					
					PM75000157
				verrière du transept droit : L'Assomption de la Vierge
					
					PM75000158
				verrière du transept droit : L'Incrédulité de saint Thomas
					
					PM75000159
				verrière du choeur : Isaïe, Jérémie, Ezéchiel et Daniel
					
					PM75000160
				verrière du choeur : Saint Mathieu, saint Marc, saint Luc et saint Jean
					
					PM75000161
				verrières du bas-côté gauche : Saint Grégoire, Pépin, Charlemagne, Saint Gelase, Saint Célestin, Saint Pierre
					
					PM75000162
				verrière de la chapelle des fonts baptismaux : Le Baptême de Jésus
					
					PM75000163
				verrière de la chapelle Saint-Jean-Baptiste : Saint Jean-Baptiste au désert
					
					PM75000164
				verrière de la chapelle Sainte-Madeleine : La Madeleine entre deux anges
					
					PM75000165
				verrière de la chapelle Notre-Dame-de-la-Compassion  : La Vierge de Pitié entre deux anges
					
					PM75000166
				verrière de la chapelle de la Vierge : Isaac, entre Loth et Abraham, Trois figures en bustes
					
					PM75000167
				verrière de la chapelle de la Vierge : Salomon, David, Jessé, Jahel, en buste
					
					PM75000168
				verrière de la chapelle de la Vierge : Joas, Josaphat, Joram, Déborah, en buste
					
					PM75000169
				verrière de la chapelle de la Vierge : Manassès, Ezéchias, Jonathan, Judith, en buste
					
					PM75000170
				verrière de la chapelle de la Vierge : Zorobabel, Jéchonias, Josias, Esther, en buste
					
					PM75000171
				verrière de la chapelle des Saints-Patrons : Saint Vincent
					
					PM75000172
				verrière de la chapelle des Saints-Patrons : Saint Germain
					
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				verrière de la chapelle des Saints-Patrons : Jésus Christ et la Vierge entre deux anges
					
					PM75000174
				verrière de la chapelle de la Bonne-Mort : Saint Tobie
					
					PM75000175
				verrières de la chapelle de la Bonne-Mort : Saint Joseph, La Vierge, Jésus Christ, Saint Michel
					
					PM75000176
				verrières de la chapelle du Tombeau : Scènes de la vie du Christ
					
					PM75000177
				verrière de la chapelle des Pères et des Docteurs de l'Eglise : Jésus Christ entre saint Léon et saint Grégoire
					
					PM75000178
				verrière de la chapelle Saint-Pierre : Saint Pierre
					
					PM75000179
				verrière de la chapelle des Saints-Apôtres : Les Douze apôtres, en buste
					
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				verrière du transept gauche : Saint Vincent, martyr
					
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				verrière du transept droit : Saint Germain, martyr
					
					PM75000182
				verrière de la chapelle royale : Le Couronnement de la Vierge, Sainte Isabelle, Sainte Radegonde
					
					PM75000183
				verrière de la chapelle de la Bonne-Mort : Saint Pierre
					
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				verrière de la chapelle du Tombeau : Scènes de la Passion du Christ
					
				 
		
							PM75000067
				triptyque : L'Histoire de la faute originelle, La Légende de la Vierge
					
					PM75000068
				tableau : Saint Pierre Nolasque recevant l'habit de l'ordre de la Merci des mains de Béranger, évêque de Barcelone
					
					PM75000069
				tableau : Saint Grégoire et saint Etienne
					
					PM75000070
				tableau : La Cène
					
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				tableau : Vierge de Pitié
					
					PM75000072
				tableau : Saint Vincent de Paul recueillant les enfants abandonnés
					
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				tableau : Saint Vincent de Paul, figuré à mi-corps
					
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				tableau : La Peste de Milan
					
					PM75000075
				tableau : Les Attributs de saint Charles Borromée
					
					PM75000076
				tableau : Vue de la chapelle, à Montmartre, où furent inhumés saint Denis et ses compagnons après leur martyre
					
					PM75000077
				tableau : Les Disciples d'Emmaüs
					
					PM75000078
				tableau : Sainte Geneviève soutient le courage des habitants de Paris
					
					PM75000079
				peintures monumentales de la chapelle Sainte-Geneviève : Sainte Geneviève, en buste, Saint Germain, en buste, Saint Rémi baptise sainte Geneviève, Quatre petits sujets de la vie de sainte Geneviève
					
					PM75000080
				peinture monumentale de la chapelle du tombeau : Gloria in excelsis
					
					PM75000081
				peinture monumentale de la chapelle du tombeau : L'Adoration des bergers, L'Arrivée des Mages
					
					PM75000082
				triptyque : Le Christ entre l'Eglise et la Synagogue
					
					PM75000083
				peinture monumentale de la chapelle du tombeau : Jésus Christ pleuré par les saintes Femmes, L'Ascension
					
					PM75000084
				peinture monumentale de la chapelle du tombeau : L'Ascension
					
					PM75000085
				2 peintures monumentales de la chapelle Saint-Landry : La Glorification de saint Landry, La Fondation de l'hôtel-Dieu
					
					PM75000086
				peinture monumentale de la chapelle Saint-Landry : Clovis II, Saint Landry, Sainte Bathilde, Erchinwald, Christ en croix entouré de quatre anges (Le)
					
					PM75000087
				peintures monumentales de la chapelle Saint-Landry : Saint Landry livrant les vases sacrés pour nourrir le peuple, Translation des restes de saint Landry, Deux anges tenant un phylactère, Deux groupes d'anges réunis, l'un adorant la couronne d'épines, l'autre le saint calice
					
					PM75000088
				tableau : Saint Pierre mis en croix
					
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				tableau : Jésus donnant les clés à saint Pierre
					
					PM75000090
				peintures monumentales de la chapelle de la Bonne-Mort : La Consolation, La Bonne mort, Deux anges
					
					PM75000091
				tableau : Saint Ambroise, saint Augustin, saint Jérôme
					
					PM75000092
				tableau : Saint Chrysostome
					
					PM75000093
				tableau : Saint Basile
					
					PM75000094
				tableau : Consécration de sainte Geneviève
					
					PM75000095
				tableau : La Mise au tombeau
					
					PM75000096
				peinture monumentale du transept droit : Cadran entouré de deux anges développant une banderole portant une inscription
					
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				peinture monumentale du transept droit : L'Adoration des Mages
					
					PM75000098
				peinture monumentale du transept droit : La Descente de Croix, Esdras, Moïse, David, Saint Grégoire, Saint Pierre, Saint Paul, L'Agneau, Le Saint Esprit
					
					PM75000099
				tableau : La Vierge
					
					PM75000100
				peintures monumentales de la chapelle de la Vierge : Le Couronnement de la Vierge, Huit anges, Les Apôtres au tombeau de la Vierge
					
					PM75000101
				2 peintures monumentales de la chapelle de la Vierge : Sainte Anne, Saint Joseph
					
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				2 peintures monumentales de la chapelle de la Vierge : Saint Jean, Saint Joachim
					
					PM75000103
				tableau : La Vierge entre saint Charles Borromée et saint Jean Borgia
					
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				tableau : La Vierge à l'Enfant
					
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				tableau : Jésus Christ entre saint Léon et saint Grégoire
					
					PM75000106
				peinture monumentale du porche : Jésus Christ en croix, entouré de saints et de saintes, derrière la croix, le Père Eternel et deux anges, au-dessus la colombe symbolisant le Saint-Esprit
					
					PM75000107
				peinture monumentale du porche : Jésus Christ confie la mission apostolique aux Apôtres, à ses pieds, sainte Madeleine et sainte Clotilde entourées de saints et de saintes
					
					PM75000108
				peinture monumentale du porche : Deux saints écrivant, agenouillés devant une image de la Vierge
					
					PM75000109
				peinture monumentale du porche : Jérémie et Daniel
					
					PM75000110
				peinture monumentale du porche : Jésus dans le Temple
					
					PM75000111
				peinture monumentale du porche : Le Saint-Esprit descend sur les Apôtres
					
					PM75000112
				peinture monumentale du porche : Jésus Christ, entouré de saints et de saintes, bénit les infortunés de ce monde
					
					PM75000113
				orgue de tribune : buffet d'orgue
					
					PM75000114
				3 statues du porche : La Reine Ultrogothe, Le Roi Childebert, Saint Vincent
					
					PM75000115
				3 statues du porche : Saint Germain, Sainte Geneviève, Un Ange tenant un flambeau
					
					PM75000116
				groupes sculptés et statues du porche : Abraham tenant les âmes, Trois âmes dans la chaudière infernale, tourmentées par deux démons, Sept anges
					
					PM75000117
				10 statues du porche : Les Vierges sages, Les Vierges folles
					
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				12 statues du porche : Les Apôtres
					
					PM75000119
				statue du porche : Saint François d'Assise
					
					PM75000120
				2 bénitiers : Têtes accolées de chérubins
					
					PM75000121
				statue du porche : Vierge à l'Enfant
					
					PM75000122
				2 bas-reliefs : La Naissance de la Vierge, La Présentation de la Vierge au Temple
					
					PM75000123
				bas-relief : L'Adoration des bergers
					
					PM75000124
				2 statues : Saint Paul, Saint Pierre
					
					PM75000125
				retable de la chapelle Notre-Dame-de-la-Compassion, bas-reliefs : L'Arbre de Jessé, L'Evanouissement de la Vierge, La Mise en croix, La Visitation, L'Adoration des bergers, Le Portement de croix, L'Adoration des Mages, La Présentation au Temple, Jésus cloué sur la Croix
					
					PM75000126
				3 statues : Saint Denis, Saint Rustique, Saint Eleuthère
					
					PM75000127
				statue : Sainte Geneviève
					
					PM75000128
				2 statues : Charles, marquis de Rostaing et Messire Tristan, marquis de Rostaing
					
					PM75000129
				3 statues formant retable : Saint Vincent, La Trinité, Saint Germain
					
					PM75000130
				statue : Le Christ au tombeau
					
					PM75000131
				groupe sculpté : Vierge de Pitié
					
					PM75000132
				2 bas-reliefs : La Mise au tombeau, La Résurrection, deux anges
					
					PM75000133
				statue : Saint Joseph
					
					PM75000134
				statue : Saint Landry
					
					PM75000135
				2 statues : Etienne d'Aligre père, chancelier de France et Etienne d'Aligre fils, chancelier de France
					
					PM75000136
				statue : Vierge miraculeuse
					
					PM75000137
				groupe sculpté : Trois enfants au pied de la croix
					
					PM75000138
				retable de la chapelle de la Vierge
					
					PM75000139
				statue : Sainte Marie l'Egyptienne
					
					PM75000140
				clef de voûte : Saint Germain l'Auxerrois (chapelle de la Vierge, 1ère arcade)
					
					PM75000141
				statue : Vierge à l'Enfant
					
					PM75000142
				bas-relief : La Présentation, Le Mariage de la Vierge, La Salutation, La Visitation, La Nativité
					
					PM75000143
				statue : Christ en croix
					
					PM75000144
				groupe sculpté : Sainte Cécile et des anges
					
					PM75000145
				banc d'oeuvre
					
					PM75000146
				chaire à prêcher
					
					PM75000147
				clôture de choeur (grille)
					
					PM75000148
				statue : Saint Vincent
					
					PM75000149
				statue : Saint Germain
					
					PM75000150
				statue : Vierge à l'Enfant
					
					PM75000185
				orgue de tribune : partie instrumentale de l'orgue
					
					PM75000186
				cloche dite Marie
					
					PM75003027
				statue : Saint Germain
					
					PM75003028
				statue : Christ en croix
					
					PM75004210
				orgue de tribune